هنگامی که حجم یک مجموعه داده به حدی زیاد می شود که دیگر یک ماشین به تنهایی قادر به نگهداری آن نیست، بحث پارتیشن سازی داده و تقسیم آن بروی چندین ماشین مجزا مطرح می گردد. فایل سیستم هایی که مدیریت ذخیره سازی اطلاعات در سطح شبکه ای از ماشین ها را عهده دار هستند، فایل سیستم های توزیع شده می نامند. از آنجایی که آنها بر پایه مباحث شبکه طراحی می شوند، لذا تمامی پیچیدگی های برنامه نویسی شبکه می بایست مورد بررسی قرار گرفته شود، از این رو ایجاد فایل سیستم های توزیع شده بسیار پیچیده تر از تولید فایل سیستم های معمول می باشند. برای مثال، یکی از بزرگترین چالش های موجود در این نوع فایل سیستم ها امکان مواجه با Node Failure بدون از دست رفتن داده می باشد.
هدوپ دارای یک فایل سیستم توزیع شده با نام Hadoop Distributed File System) HDFS) می باشد. HDFS بهترین و مهمترین فایل سیستم هدوپ است.
